Sel scRNA-seq PT – Analyse transcriptomique unicellulaire sélective de cellules rares pour des applications de thérapie personnalisée

Notre objectif est de développer une technologie pour l’analyse transcriptomique sélective de cellules uniques (scRNA-seq) de cellules présentant un phénotype spécifique à partir d’un mélange hétérogène. Les cellules seront encapsulées dans des gouttelettes de picolitre, avec pas plus d’une cellule par gouttelette, avec des billes d’hydrogel uniques portant des amorces d’ADNc codées à barres, avec un code-barres unique sur chaque bille. Le séquençage sélectif des seules (rares) cellules présentant le phénotype souhaité sera réalisé en ciblant des protéines uniques ou multiples exprimées à la surface des cellules avec des anticorps marqués à l’ADN qui déclencheront un circuit moléculaire appelé la boîte à outils de l’ADN. Dans les gouttelettes contenant des cellules présentant le phénotype souhaité, le circuit moléculaire déclenchera la libération sélective d’amorces d’ADNc à code-barres à partir des billes d’hydrogel, garantissant ainsi que, après transcription inverse, les ADNc à code-barres ne seront récupérés que dans les cellules présentant le phénotype souhaité. Le séquençage des ADNc fournira le paysage transcriptomique des seules cellules cibles. La technologie sera validée pour le scRNA-seq des lymphocytes infiltrants dans les biopsies de tumeurs solides.