POSCOVD – Vers un diagnostic du Covid-19 à l’échelle d’une population entière

L’un des principaux goulots d’étranglement dans la lutte contre l’actuelle pandémie de Covid-19 est la capacité d’un pays à disposer d’un grand nombre de tests de diagnostic. Actuellement, l’utilisation de diagnostics basés sur les tests RT-qPCR reste le principal outil pour suivre la propagation de la maladie, mais cette stratégie a été limitée par la capacité d’accès aux réactifs. En outre, avec le plan actuel visant à lever progressivement les restrictions de confinement, et en l’absence de vaccin, nos besoins en matière d’augmentation du nombre de tests disponibles pour suivre l’infection et contrôler sa propagation restent essentiels.

Dans ce contexte, des stratégies innovantes basées sur l’utilisation du séquençage massif d’ADN en parallèle pour le diagnostic à l’échelle de la population sont actuellement explorées par des équipes internationales ([1] & [2]), mais aussi en France, comme le montrent les efforts de la Startup SeqOne [3]. Tout en permettant d’envisager la possibilité d’analyser plusieurs milliers d’échantillons de patients par séquençage, ces stratégies nécessitent de compter avec une plateforme de séquençage de l’ADN où les grands instruments sont pilotés par des ingénieurs techniques spécialisés.

Le projet consiste à développer un test de diagnostic à l’échelle de la population en utilisant un séquençage massif d’ADN en parallèle effectué avec la technologie Oxford Nanopore, permettant les avantages de la portabilité de l’instrument ainsi que sa simplicité d’utilisation, de sorte qu’un grand nombre d’échantillons de patients pourraient être analysés même dans des endroits reculés du monde où les réactifs pour la RT-qPCR et/ou l’accès aux grands instruments de séquençage de l’ADN restent encore rares.

[1] A Massively Parallel COVID-19 Diagnostic Assay for Simultaneous Testing of 19200 Patient Samples; Ayaan Hossain1, Alexander C. Reis2, Sarthok Rahman5, and Howard M. Salis1-4 *

[2] LAMP-Seq: Population-Scale COVID-19 Diagnostics Using a Compressed Barcode Space; Jonathan L. Schmid-Burgk, David Li, David Feldman, Mikołaj Słabicki, Jacob Borrajo, Jonathan Strecker, Brian Cleary, Aviv Regev, Feng Zhang; bioRxv preprint https://doi.org/10.1101/2020.04.06.025635

[3] A French start-up harnesses the power of the latest generation genomic sequencers to dramatically increase COVID 19 testing capacity; 1st May 2020.