Imagerie quantitative de signaux bioluminescents sur des souris libres en mouvement

L’objectif de cette thèse est de concevoir et valider des algorithmes permettant de détecter de façon quantitative des signaux bioluminescents simultanément sur plusieurs souris non anesthésiées. Ce projet de thèse s’articule autour de trois axes :

1. développer des algorithmes pour corriger les signaux BLI 2D dynamiques issus d’un système d’imagerie de souris libres en mouvement, et améliorer la localisation des signaux. La quantification de ces signaux est altérée par les différentes orientations de la souris par rapport au détecteur ou entre elles (s’il y a plusieurs animaux) ;
2. développer des outils de segmentation et de suivi (“tracking”) automatique et non supervisée de plusieurs animaux libres en mouvement ;
3. test et validation des performances du système et des algorithmes.

Il sera nécessaire de combiner une technique de profilométrie permettant d’extraire l’information quantitative du signal indépendamment de la position de l’animal avec une technique d’acquisition d’imagerie des animaux libres en mouvement. Pour cela, nous développerons des algorithmes qui s’appuieront sur les données issues de la profilométrie dynamique, sur une modélisation de la souris basée sur les modèles physiques, et sur la mise en correspondance de l’image optique et de l’image infrarouge par Machine Learning pour suivre les variations temporelles de l’émission BLI. Ce travail permettra de renforcer le positionnement leader de Biospace Lab dans le marché compétitif de l’imagerie optique en temps réel du petit animal.