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Appel

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Résumé

CartoBrain :
Cartographie haute résolution des réseaux de neurones par microscopie optique en recherche préclinique

L’objectif de ce travail de thèse sera de développer des outils logiciels originaux pour étudier des populations de neurones à l’échelle de cerveaux entiers en recherche préclinique.

Les images seront acquises par microscopie optique à très fort grossissement pour permettre une individualisation à l’échelle des neurones.

Le dénombrement ainsi qu’une modélisation de la cytoarchitecture de ces cellules (distribution / organisation) fourniront des informations nouvelles d’un grand intérêt dans des cas sains (anatomie, développement) mais aussi pathologiques (maladies neurodégénératives, mort neuronale).

Des techniques avancées de traitement de l’image seront utilisées pour mener ces analyses (apprentissage machine, calcul intensif, traitement de données massives).

Enfin, une validation des résultats obtenus sur des données multi-espèces produites au CEA- MIRCen sera réalisée en comparant les résultats obtenus avec la technique de référence de stéréologie (comptage cellulaire) ainsi qu’avec des segmentations anatomiques de référence (expert neuroanatomiste, atlas numériques du cerveau).

Un transfert technologique des logiciels de comptage cellulaire développés au cours du projet sera réalisé en étroite collaboration avec la société Neoxia qui est en train de mettre en place une plateforme de micro-services sur le cloud du traitement d’images biologiques à grande échelle.

É

Équipes